Publicaciones agradeciendo el rol del NLHPC en su investigación
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Luis, Lemus; E, Díaz Daniel; Leonel, Llanos; Pablo, Arce; Romina, Lorca; Juan, Guerrero; Juan, Costamagna; Daniel, Aravena; Guillermo, Ferraudi; Allen, Oliver; Graham, Lappin Alexander Chemistry – A European Journal, 0 (ja), 0000. @article{luis_steric_nodate, title = {Steric and electronic factors affecting the conformation of bimetallic Cu(I) complexes. Effect of the aliphatic spacer of tetracoordinating Schiff base ligands.}, author = {Lemus Luis and D\'{i}az Daniel E and Llanos Leonel and Arce Pablo and Lorca Romina and Guerrero Juan and Costamagna Juan and Aravena Daniel and Ferraudi Guillermo and Oliver Allen and Lappin Alexander Graham}, url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/chem.201802290}, doi = {10.1002/chem.201802290}, journal = {Chemistry \textendash A European Journal}, volume = {0}, number = {ja}, abstract = {A family of six homoleptic [CuI(Ln)]2(ClO4)2 and six heteroleptic [CuI(Ln)(PPh3)2]2(ClO4)2 bimetallic complexes, where Ln are bis‐Schiff base ligands with alkyl spacers of variable length (n= 2‐7 ‐CH2‐), were prepared to evaluate the role of the spacer on the formation of helicates or mesocates. In the homoleptic series, spectroscopic and theoretical studies indicate that preferences for a conformation are based on energetic parameters, mainly, the establishment of non‐covalent interactions. The odd‐even nature of the spacers pre‐conditions the superposition of the aromatic rings to allow the juxtaposition necessary for non‐covalent interactions, while the increase of the length reduces the strength of such interactions. Consequently, complexes with even‐spacers of short length were identified as helicates in solution, [CuI(Ln)]22+ (n=2,4). Complexes [CuI(Ln)]22+ (n=3‐7) dissociate in solution to produce the monometallic complexes in equilibrium, [CuI(Ln)]+. The stability of the bimetallic species is discussed in terms of their conformations. The set of heteroleptic complexes was prepared to evaluate the reach of the 'odd‐even rule' in solid, which is based on the 'zig‐zag' arrangements of the spacers. Based on crystallographic information, 'S' and 'C'‐type conformations of Ln are related to even and odd spacers, respectively. This trend is considered in addition to other factors to explain preferences for either a mesocate or helicate conformation in the homoleptic series.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } A family of six homoleptic [CuI(Ln)]2(ClO4)2 and six heteroleptic [CuI(Ln)(PPh3)2]2(ClO4)2 bimetallic complexes, where Ln are bis‐Schiff base ligands with alkyl spacers of variable length (n= 2‐7 ‐CH2‐), were prepared to evaluate the role of the spacer on the formation of helicates or mesocates. In the homoleptic series, spectroscopic and theoretical studies indicate that preferences for a conformation are based on energetic parameters, mainly, the establishment of non‐covalent interactions. The odd‐even nature of the spacers pre‐conditions the superposition of the aromatic rings to allow the juxtaposition necessary for non‐covalent interactions, while the increase of the length reduces the strength of such interactions. Consequently, complexes with even‐spacers of short length were identified as helicates in solution, [CuI(Ln)]22+ (n=2,4). Complexes [CuI(Ln)]22+ (n=3‐7) dissociate in solution to produce the monometallic complexes in equilibrium, [CuI(Ln)]+. The stability of the bimetallic species is discussed in terms of their conformations. The set of heteroleptic complexes was prepared to evaluate the reach of the 'odd‐even rule' in solid, which is based on the 'zig‐zag' arrangements of the spacers. Based on crystallographic information, 'S' and 'C'‐type conformations of Ln are related to even and odd spacers, respectively. This trend is considered in addition to other factors to explain preferences for either a mesocate or helicate conformation in the homoleptic series. |
Montecinos, Rodrigo; Diaz-Wilson, Fernanda; Bravo-Sepulveda, Alexis; Salas, Cristian O; Recabarren-Gajardo, Gonzalo; Nome, Faruk Investigation about the complexation of trimethylammonium-derived pillar[5]arene with indole and azaindole derivatives Journal Article Journal of Physical Organic Chemistry, 0 (0), pp. e3889, 0000, (e3889 POC-17-0270.R1). @article{doi:10.1002/poc.3889, title = {Investigation about the complexation of trimethylammonium-derived pillar[5]arene with indole and azaindole derivatives}, author = {Rodrigo Montecinos and Fernanda Diaz-Wilson and Alexis Bravo-Sepulveda and Cristian O Salas and Gonzalo Recabarren-Gajardo and Faruk Nome}, url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/poc.3889}, doi = {10.1002/poc.3889}, journal = {Journal of Physical Organic Chemistry}, volume = {0}, number = {0}, pages = {e3889}, abstract = {Abstract Indoles and azaindoles are very interesting heterocycles found in naturally occurring and synthetic molecules exhibiting several biological activities associated with its physicochemical properties. Here, we report a study about the inclusion complex formation between trimethylammonium-derived pillar[5]arene (P5A) with indole and azaindole derivatives by NMR and molecular dynamics simulations. Our results indicate that indole forms the most stable inclusion complex of the hosts, with its benzene fragment incorporated near to the centre of the cavity. On the other hand, 5-azaindole presents a weaker interaction with P5A, orienting preferentially the pyrrole moiety toward the host cavity. 7-Azaindole switches between two conformations with the pyridine fragment incorporated inside the cavity. Based on these results, we believe these preliminary study of how the guest structure modifies the structure of the inclusion complexes, and the molecular recognition can be further used in the preparation of new functional supramolecular systems including drug delivery systems.}, note = {e3889 POC-17-0270.R1}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } Abstract Indoles and azaindoles are very interesting heterocycles found in naturally occurring and synthetic molecules exhibiting several biological activities associated with its physicochemical properties. Here, we report a study about the inclusion complex formation between trimethylammonium-derived pillar[5]arene (P5A) with indole and azaindole derivatives by NMR and molecular dynamics simulations. Our results indicate that indole forms the most stable inclusion complex of the hosts, with its benzene fragment incorporated near to the centre of the cavity. On the other hand, 5-azaindole presents a weaker interaction with P5A, orienting preferentially the pyrrole moiety toward the host cavity. 7-Azaindole switches between two conformations with the pyridine fragment incorporated inside the cavity. Based on these results, we believe these preliminary study of how the guest structure modifies the structure of the inclusion complexes, and the molecular recognition can be further used in the preparation of new functional supramolecular systems including drug delivery systems. |
Doerner, Edgardo; Caprile, Paola Technical Note: An hybrid parallel implementation for EGSnrc Monte Carlo user codes Journal Article Medical Physics, 45 (8), pp. 3969-3973, 0000. @article{doi:10.1002/mp.13033, title = {Technical Note: An hybrid parallel implementation for EGSnrc Monte Carlo user codes}, author = {Edgardo Doerner and Paola Caprile}, url = {https://aapm.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/mp.13033}, doi = {10.1002/mp.13033}, journal = {Medical Physics}, volume = {45}, number = {8}, pages = {3969-3973}, abstract = {Purpose The purpose of this study was to present a parallel solution for the EGSnrc Monte Carlo code system combining MPI and OpenMP programming models as an alternative to the provided implementation, based on the use of a batch-queueing system (BQS). Methods Relying on a previous implementation based on OpenMP by E. Doerner and P. Caprile [Med. Phys. 44, 6672 (2017)], this work incorporates MPI features to efficiently distribute the simulation on current high-performance computing (HPC) systems. These features are introduced through properly defined macros, which are enabled depending on the compilation flags given by the user. The presented solution was benchmarked using the DOSXYZnrc code for a 6 MV clinical photon beam impinging on an homogeneous water phantom. Results The platform validation against the serial run results confirmed that the introduction of new features does not modify the final dose distribution. The performance tests indicated that the new implementation was able to handle efficiently the workload distribution among the computing units available. Using all the resources available, the hybrid simulation was 10% faster than the MPI only solution and 30% faster than the BQS implementation. Conclusions The hybrid method presented is a viable solution to parallelize MC simulations using the EGSnrc codes in distributed computing systems in an simple and efficient way, taking advantage of the available resources and giving the user the possibility of choosing between different parallelization schemes (only OpenMP/MPI or a combination of both).}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } Purpose The purpose of this study was to present a parallel solution for the EGSnrc Monte Carlo code system combining MPI and OpenMP programming models as an alternative to the provided implementation, based on the use of a batch-queueing system (BQS). Methods Relying on a previous implementation based on OpenMP by E. Doerner and P. Caprile [Med. Phys. 44, 6672 (2017)], this work incorporates MPI features to efficiently distribute the simulation on current high-performance computing (HPC) systems. These features are introduced through properly defined macros, which are enabled depending on the compilation flags given by the user. The presented solution was benchmarked using the DOSXYZnrc code for a 6 MV clinical photon beam impinging on an homogeneous water phantom. Results The platform validation against the serial run results confirmed that the introduction of new features does not modify the final dose distribution. The performance tests indicated that the new implementation was able to handle efficiently the workload distribution among the computing units available. Using all the resources available, the hybrid simulation was 10% faster than the MPI only solution and 30% faster than the BQS implementation. Conclusions The hybrid method presented is a viable solution to parallelize MC simulations using the EGSnrc codes in distributed computing systems in an simple and efficient way, taking advantage of the available resources and giving the user the possibility of choosing between different parallelization schemes (only OpenMP/MPI or a combination of both). |
Orellana, Walter; Menéndez-Proupin, Eduardo; Flores, Mauricio A Energetics and Electronic Properties of Interstitial Chlorine in CdTe Journal Article physica status solidi (b), 0 (0), pp. 1800219, 0000. @article{doi:10.1002/pssb.201800219, title = {Energetics and Electronic Properties of Interstitial Chlorine in CdTe}, author = {Walter Orellana and Eduardo Men\'{e}ndez-Proupin and Mauricio A Flores}, url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/pssb.201800219}, doi = {10.1002/pssb.201800219}, journal = {physica status solidi (b)}, volume = {0}, number = {0}, pages = {1800219}, abstract = {The role of interstitial chlorine in the electronic properties of CdTe is addressed by density functional theory calculations including hybrid functionals and large unit cells. The stability and diffusion energy barriers of the impurity are analyzed as a function of the Fermi level position in the band gap. Chlorine is found to be stable in at least five interstitial sites with rather close formation energies, suggesting that they are all probable to be found. In p-type CdTe, the most stable sites are at the center of a CdTe bond and at a split-interstitial configuration, both acting as shallow donors. Whereas in n-type CdTe, it is found at the tetrahedral site surrounded by Cd hosts, acting as a shallow acceptor. We also find that chlorine can induce a deep acceptor level in the bandgap after binding with three Cd host atoms, which can explain the experimentally observed high resistivity in Cl-doped CdTe. The energy barriers for chlorine diffusion in both p-type and n-type CdTe are also discussed.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } The role of interstitial chlorine in the electronic properties of CdTe is addressed by density functional theory calculations including hybrid functionals and large unit cells. The stability and diffusion energy barriers of the impurity are analyzed as a function of the Fermi level position in the band gap. Chlorine is found to be stable in at least five interstitial sites with rather close formation energies, suggesting that they are all probable to be found. In p-type CdTe, the most stable sites are at the center of a CdTe bond and at a split-interstitial configuration, both acting as shallow donors. Whereas in n-type CdTe, it is found at the tetrahedral site surrounded by Cd hosts, acting as a shallow acceptor. We also find that chlorine can induce a deep acceptor level in the bandgap after binding with three Cd host atoms, which can explain the experimentally observed high resistivity in Cl-doped CdTe. The energy barriers for chlorine diffusion in both p-type and n-type CdTe are also discussed. |
Solar, Roberto; Sepulveda, Victor; Inostrosa-Psijas, Alonso; Rojas, Oscar; Gil-Costa, Veronica; Marin, Mauricio A Service-Oriented Platform for Approximate Bayesian Computation in Population Genetics Journal Article Journal of Computational Biology, 0 (0), pp. null, 0000. @article{solar_service-oriented_nodate, title = {A Service-Oriented Platform for Approximate Bayesian Computation in Population Genetics}, author = {Roberto Solar and Victor Sepulveda and Alonso Inostrosa-Psijas and Oscar Rojas and Veronica Gil-Costa and Mauricio Marin}, url = {https://doi.org/10.1089/cmb.2018.0217}, doi = {10.1089/cmb.2018.0217}, journal = {Journal of Computational Biology}, volume = {0}, number = {0}, pages = {null}, abstract = {Abstract Approximate Bayesian computation (ABC) is a useful technique developed for solving Bayesian inference without explicitly requiring a likelihood function. In population genetics, it is widely used to extract part of the information about the evolutionary history of genetic data. The ABC compares the summary statistics computed on simulated and observed data sets. Typically, a forward-in-time approach is used to simulate the genetic material of a population starting from an initial ancestral population and following the evolution of the individuals by advancing generation by generation under various demographic and genetic forces. This approach is computationally expensive and requires a large number of computations making the use of high-performance computing crucial for decreasing the overall response times. In this work, we propose a fully distributed web service-oriented platform for ABC that is based on forward-in-time simulations. Our proposal is based on a client-server approach. The client enables users to define simulation scenarios. The server enables efficient and scalable population simulations and can be deployed on a distributed cluster of processors or even in the cloud. It is composed of four services: a workload generator, a simulation controller, a simulation results analyzer, and a result builder. The server performs multithread simulations by executing a simulation kernel encapsulated in a proposed libgdrift library. We present and evaluate three different libgdrift library approaches whose algorithms aim to reduce execution times and memory consumption.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } Abstract Approximate Bayesian computation (ABC) is a useful technique developed for solving Bayesian inference without explicitly requiring a likelihood function. In population genetics, it is widely used to extract part of the information about the evolutionary history of genetic data. The ABC compares the summary statistics computed on simulated and observed data sets. Typically, a forward-in-time approach is used to simulate the genetic material of a population starting from an initial ancestral population and following the evolution of the individuals by advancing generation by generation under various demographic and genetic forces. This approach is computationally expensive and requires a large number of computations making the use of high-performance computing crucial for decreasing the overall response times. In this work, we propose a fully distributed web service-oriented platform for ABC that is based on forward-in-time simulations. Our proposal is based on a client-server approach. The client enables users to define simulation scenarios. The server enables efficient and scalable population simulations and can be deployed on a distributed cluster of processors or even in the cloud. It is composed of four services: a workload generator, a simulation controller, a simulation results analyzer, and a result builder. The server performs multithread simulations by executing a simulation kernel encapsulated in a proposed libgdrift library. We present and evaluate three different libgdrift library approaches whose algorithms aim to reduce execution times and memory consumption. |
Cheuquelaf, Andrea Paz Orfanoz Estratificación vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile 0000. @thesis{orfanoz_cheuquelaf_estratificacion_2016, title = {Estratificaci\'{o}n vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile}, author = {Andrea Paz Orfanoz Cheuquelaf}, url = {http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/139755}, institution = {Universidad de Chile}, abstract = {La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una poblaci\'{o}n de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas monta\~{n}osas que rodean la ciudad. Tiene un clima semi\'{a}rido, una trop\'{o}sfera baja estable y una inversi\'{o}n t\'{e}rmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- naci\'{o}n atmosf\'{e}rica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la din\'{a}mica de la distribuci\'{o}n vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparaci\'{o}n sistem\'{a}tica de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- caci\'{o}n vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, tambi\'{e}n se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo num\'{e}rico que simula las condiciones meteorol\'{o}gicas de la cuenca y que utiliza el mon\'{o}xido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campa\~{n}a de mediciones de 4 d\'{i}as. El modelo reproduce correctamente la condici\'{o}n sin\'{o}ptica del per\'{i}odo, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsin\'{o}ptica reproduce la circulaci\'{o}n entre el valle y la monta\~{n}a, caracter\'{i}stica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculaci\'{o}n de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones est\'{a} asociado a la circulaci\'{o}n termal de valle y monta\~{n}a.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una población de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas montañosas que rodean la ciudad. Tiene un clima semiárido, una tropósfera baja estable y una inversión térmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- nación atmosférica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la dinámica de la distribución vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparación sistemática de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- cación vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, también se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo numérico que simula las condiciones meteorológicas de la cuenca y que utiliza el monóxido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campaña de mediciones de 4 días. El modelo reproduce correctamente la condición sinóptica del período, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsinóptica reproduce la circulación entre el valle y la montaña, característica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculación de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones está asociado a la circulación termal de valle y montaña. |
Lobos, Jaime Camilo Teneb 0000. @thesis{teneb_lobos_diseno_2016b, title = {Dise\~{n}o de un Ligando Pept\'{i}dico con Afinidad por la Hormona Fol\'{i}culo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Mag\'{i}ster en Bioqu\'{i}mica y Bioinform\'{a}tica}, author = {Jaime Camilo Teneb Lobos}, url = {http://repositorio.udec.cl/bitstream/handle/11594/2045/TESIS_MAGISTER_JT.pdf}, institution = {Universidad de Concepci\'{o}n}, abstract = {La Hormona Fol\'{i}culo Estimulante (FSH) es una glicoprote\'{i}na que est\'{a} involucrada en el desarrollo sexual y la funci\'{o}n reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terap\'{e}utico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la d\'{e}cada del 60 y posteriormente, tambi\'{e}n se incorpor\'{o} en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los f\'{a}rmacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de d\'{o}lares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al a\~{n}o anterior, present\'{a}ndose en d\'{e}cimo tercer lugar de las familias de biof\'{a}rmacos m\'{a}s vendidos en el mundo. La principal preparaci\'{o}n de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificaci\'{o}n basado en cromatograf\'{i}a de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatograf\'{i}a de afinidad es un m\'{e}todo de separaci\'{o}n basado en la propiedad de las mol\'{e}culas biol\'{o}gicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos espec\'{i}ficamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatograf\'{i}a de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos pept\'{i}dicos peque\~{n}os que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producci\'{o}n. En este trabajo se busca dise\~{n}ar un ligando pept\'{i}dico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificaci\'{o}n por cromatograf\'{i}a de afinidad. Para realizar el dise\~{n}o del p\'{e}ptido, nos hemos basado en el an\'{a}lisis de interfaz prote\'{i}naprote\'{i}na del complejo FSH-FSHR. Se encontr\'{o} un grupo de residuos con cercan\'{i}a lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energ\'{i}a de uni\'{o}n (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacci\'{o}n del complejo, se gener\'{o} un modelo del exodominio del receptor completo, y as\'{i}, realizar una simulaci\'{o}n de din\'{a}mica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodin\'{a}mico completo. Del an\'{a}lisis de din\'{a}mica en estructuras de menor energ\'{i}a, se encontr\'{o} que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, dise\~{n}amos un p\'{e}ptido para utilizaci\'{o}n en una matriz de purificaci\'{o}n de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatograf\'{i}a de afinidad y evaluamos la energ\'{i}a de uni\'{o}n del complejo FSH-p\'{e}ptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGuni\'{o}n es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el p\'{e}ptido dise\~{n}ado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificaci\'{o}n de FSH humana.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La Hormona Folículo Estimulante (FSH) es una glicoproteína que está involucrada en el desarrollo sexual y la función reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terapéutico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la década del 60 y posteriormente, también se incorporó en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los fármacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de dólares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al año anterior, presentándose en décimo tercer lugar de las familias de biofármacos más vendidos en el mundo. La principal preparación de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificación basado en cromatografía de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatografía de afinidad es un método de separación basado en la propiedad de las moléculas biológicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos específicamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatografía de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos peptídicos pequeños que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producción. En este trabajo se busca diseñar un ligando peptídico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificación por cromatografía de afinidad. Para realizar el diseño del péptido, nos hemos basado en el análisis de interfaz proteínaproteína del complejo FSH-FSHR. Se encontró un grupo de residuos con cercanía lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energía de unión (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacción del complejo, se generó un modelo del exodominio del receptor completo, y así, realizar una simulación de dinámica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodinámico completo. Del análisis de dinámica en estructuras de menor energía, se encontró que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, diseñamos un péptido para utilización en una matriz de purificación de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatografía de afinidad y evaluamos la energía de unión del complejo FSH-péptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGunión es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el péptido diseñado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificación de FSH humana. |
Cheuquelaf, Andrea Paz Orfanoz Estratificación vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile 0000. @thesis{orfanoz_cheuquelaf_estratificacion_2016b, title = {Estratificaci\'{o}n vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile}, author = {Andrea Paz Orfanoz Cheuquelaf}, url = {http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/139755}, institution = {Universidad de Chile}, abstract = {La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una poblaci\'{o}n de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas monta\~{n}osas que rodean la ciudad. Tiene un clima semi\'{a}rido, una trop\'{o}sfera baja estable y una inversi\'{o}n t\'{e}rmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- naci\'{o}n atmosf\'{e}rica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la din\'{a}mica de la distribuci\'{o}n vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparaci\'{o}n sistem\'{a}tica de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- caci\'{o}n vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, tambi\'{e}n se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo num\'{e}rico que simula las condiciones meteorol\'{o}gicas de la cuenca y que utiliza el mon\'{o}xido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campa\~{n}a de mediciones de 4 d\'{i}as. El modelo reproduce correctamente la condici\'{o}n sin\'{o}ptica del per\'{i}odo, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsin\'{o}ptica reproduce la circulaci\'{o}n entre el valle y la monta\~{n}a, caracter\'{i}stica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculaci\'{o}n de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones est\'{a} asociado a la circulaci\'{o}n termal de valle y monta\~{n}a.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una población de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas montañosas que rodean la ciudad. Tiene un clima semiárido, una tropósfera baja estable y una inversión térmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- nación atmosférica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la dinámica de la distribución vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparación sistemática de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- cación vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, también se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo numérico que simula las condiciones meteorológicas de la cuenca y que utiliza el monóxido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campaña de mediciones de 4 días. El modelo reproduce correctamente la condición sinóptica del período, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsinóptica reproduce la circulación entre el valle y la montaña, característica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculación de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones está asociado a la circulación termal de valle y montaña. |
Lobos, Jaime Camilo Teneb Diseño de un Ligando Peptídico con Afinidad por la Hormona Folículo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Magíster en Bioquímica y Bioinformática 0000. @thesis{teneb_lobos_diseno_2016, title = {Dise\~{n}o de un Ligando Pept\'{i}dico con Afinidad por la Hormona Fol\'{i}culo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Mag\'{i}ster en Bioqu\'{i}mica y Bioinform\'{a}tica}, author = {Jaime Camilo Teneb Lobos}, institution = {Universidad de Concepci\'{o}n}, abstract = {La Hormona Fol\'{i}culo Estimulante (FSH) es una glicoprote\'{i}na que est\'{a} involucrada en el desarrollo sexual y la funci\'{o}n reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terap\'{e}utico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la d\'{e}cada del 60 y posteriormente, tambi\'{e}n se incorpor\'{o} en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los f\'{a}rmacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de d\'{o}lares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al a\~{n}o anterior, present\'{a}ndose en d\'{e}cimo tercer lugar de las familias de biof\'{a}rmacos m\'{a}s vendidos en el mundo. La principal preparaci\'{o}n de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificaci\'{o}n basado en cromatograf\'{i}a de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatograf\'{i}a de afinidad es un m\'{e}todo de separaci\'{o}n basado en la propiedad de las mol\'{e}culas biol\'{o}gicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos espec\'{i}ficamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatograf\'{i}a de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos pept\'{i}dicos peque\~{n}os que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producci\'{o}n. En este trabajo se busca dise\~{n}ar un ligando pept\'{i}dico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificaci\'{o}n por cromatograf\'{i}a de afinidad. Para realizar el dise\~{n}o del p\'{e}ptido, nos hemos basado en el an\'{a}lisis de interfaz prote\'{i}naprote\'{i}na del complejo FSH-FSHR. Se encontr\'{o} un grupo de residuos con cercan\'{i}a lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energ\'{i}a de uni\'{o}n (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacci\'{o}n del complejo, se gener\'{o} un modelo del exodominio del receptor completo, y as\'{i}, realizar una simulaci\'{o}n de din\'{a}mica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodin\'{a}mico completo. Del an\'{a}lisis de din\'{a}mica en estructuras de menor energ\'{i}a, se encontr\'{o} que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, dise\~{n}amos un p\'{e}ptido para utilizaci\'{o}n en una matriz de purificaci\'{o}n de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatograf\'{i}a de afinidad y evaluamos la energ\'{i}a de uni\'{o}n del complejo FSH-p\'{e}ptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGuni\'{o}n es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el p\'{e}ptido dise\~{n}ado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificaci\'{o}n de FSH humana.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La Hormona Folículo Estimulante (FSH) es una glicoproteína que está involucrada en el desarrollo sexual y la función reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terapéutico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la década del 60 y posteriormente, también se incorporó en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los fármacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de dólares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al año anterior, presentándose en décimo tercer lugar de las familias de biofármacos más vendidos en el mundo. La principal preparación de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificación basado en cromatografía de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatografía de afinidad es un método de separación basado en la propiedad de las moléculas biológicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos específicamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatografía de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos peptídicos pequeños que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producción. En este trabajo se busca diseñar un ligando peptídico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificación por cromatografía de afinidad. Para realizar el diseño del péptido, nos hemos basado en el análisis de interfaz proteínaproteína del complejo FSH-FSHR. Se encontró un grupo de residuos con cercanía lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energía de unión (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacción del complejo, se generó un modelo del exodominio del receptor completo, y así, realizar una simulación de dinámica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodinámico completo. Del análisis de dinámica en estructuras de menor energía, se encontró que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, diseñamos un péptido para utilización en una matriz de purificación de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatografía de afinidad y evaluamos la energía de unión del complejo FSH-péptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGunión es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el péptido diseñado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificación de FSH humana. |
Lobos, Jaime Camilo Teneb 0000. @thesis{teneb_lobos_diseno_2016-1, title = {Dise\~{n}o de un Ligando Pept\'{i}dico con Afinidad por la Hormona Fol\'{i}culo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Mag\'{i}ster en Bioqu\'{i}mica y Bioinform\'{a}tica}, author = {Jaime Camilo Teneb Lobos}, url = {http://repositorio.udec.cl/bitstream/handle/11594/2045/TESIS_MAGISTER_JT.pdf}, institution = {Universidad de Concepci\'{o}n}, abstract = {La Hormona Fol\'{i}culo Estimulante (FSH) es una glicoprote\'{i}na que est\'{a} involucrada en el desarrollo sexual y la funci\'{o}n reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terap\'{e}utico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la d\'{e}cada del 60 y posteriormente, tambi\'{e}n se incorpor\'{o} en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los f\'{a}rmacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de d\'{o}lares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al a\~{n}o anterior, present\'{a}ndose en d\'{e}cimo tercer lugar de las familias de biof\'{a}rmacos m\'{a}s vendidos en el mundo. La principal preparaci\'{o}n de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificaci\'{o}n basado en cromatograf\'{i}a de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatograf\'{i}a de afinidad es un m\'{e}todo de separaci\'{o}n basado en la propiedad de las mol\'{e}culas biol\'{o}gicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos espec\'{i}ficamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatograf\'{i}a de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos pept\'{i}dicos peque\~{n}os que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producci\'{o}n. En este trabajo se busca dise\~{n}ar un ligando pept\'{i}dico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificaci\'{o}n por cromatograf\'{i}a de afinidad. Para realizar el dise\~{n}o del p\'{e}ptido, nos hemos basado en el an\'{a}lisis de interfaz prote\'{i}naprote\'{i}na del complejo FSH-FSHR. Se encontr\'{o} un grupo de residuos con cercan\'{i}a lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energ\'{i}a de uni\'{o}n (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacci\'{o}n del complejo, se gener\'{o} un modelo del exodominio del receptor completo, y as\'{i}, realizar una simulaci\'{o}n de din\'{a}mica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodin\'{a}mico completo. Del an\'{a}lisis de din\'{a}mica en estructuras de menor energ\'{i}a, se encontr\'{o} que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, dise\~{n}amos un p\'{e}ptido para utilizaci\'{o}n en una matriz de purificaci\'{o}n de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatograf\'{i}a de afinidad y evaluamos la energ\'{i}a de uni\'{o}n del complejo FSH-p\'{e}ptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGuni\'{o}n es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el p\'{e}ptido dise\~{n}ado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificaci\'{o}n de FSH humana.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La Hormona Folículo Estimulante (FSH) es una glicoproteína que está involucrada en el desarrollo sexual y la función reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terapéutico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la década del 60 y posteriormente, también se incorporó en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los fármacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de dólares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al año anterior, presentándose en décimo tercer lugar de las familias de biofármacos más vendidos en el mundo. La principal preparación de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificación basado en cromatografía de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatografía de afinidad es un método de separación basado en la propiedad de las moléculas biológicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos específicamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatografía de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos peptídicos pequeños que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producción. En este trabajo se busca diseñar un ligando peptídico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificación por cromatografía de afinidad. Para realizar el diseño del péptido, nos hemos basado en el análisis de interfaz proteínaproteína del complejo FSH-FSHR. Se encontró un grupo de residuos con cercanía lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energía de unión (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacción del complejo, se generó un modelo del exodominio del receptor completo, y así, realizar una simulación de dinámica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodinámico completo. Del análisis de dinámica en estructuras de menor energía, se encontró que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, diseñamos un péptido para utilización en una matriz de purificación de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatografía de afinidad y evaluamos la energía de unión del complejo FSH-péptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGunión es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el péptido diseñado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificación de FSH humana. |
Berlanga, Isadora; Etcheverry-Berríos, Álvaro; Mella, Andy; Jullian, Domingo; Gómez, Victoria Alejandra; Aliaga-Alcalde, Núria; Fuenzalida, Victor; Flores, Marcos; Soler, Monica Formation of self-assembled monolayer of curcuminoid molecules on gold surfaces Journal Article 392 , pp. 834–840, 0000, ISSN: 01694332. @article{berlanga_formation_2017-1b, title = {Formation of self-assembled monolayer of curcuminoid molecules on gold surfaces}, author = {Isadora Berlanga and \'{A}lvaro Etcheverry-Berr\'{i}os and Andy Mella and Domingo Jullian and Victoria Alejandra G\'{o}mez and N\'{u}ria Aliaga-Alcalde and Victor Fuenzalida and Marcos Flores and Monica Soler}, url = {http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.apsusc.2016.09.077}, doi = {10.1016/j.apsusc.2016.09.077}, issn = {01694332}, volume = {392}, pages = {834--840}, abstract = {We investigated the formation of self-assembled monolayers of two thiophene curcuminoid molecules, 2-thphCCM (1) and 3-thphCCM (2), on polycrystalline gold substrates prepared by immersion of the surfaces in a solution of the molecules during 24 h. The functionalized surfaces were studied by scanning tunneling microscopy (STM) and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS). Despite the fact that both molecules have the same composition and almost the same structure, these molecules exhibit different behavior on the gold surface, which can be explained by the different positions of the sulfur atoms in the terminal aromatic rings. In the case of molecule 1, the complete formation of a SAM can be observed after 24 h of immersion. In the case of molecule 2, the transition from flat-lying to upright configuration on the surface is still in process after 24 h of immersion. This is attributed to the fact that molecule 2 have the sulfur atoms more exposed than molecule 1.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } We investigated the formation of self-assembled monolayers of two thiophene curcuminoid molecules, 2-thphCCM (1) and 3-thphCCM (2), on polycrystalline gold substrates prepared by immersion of the surfaces in a solution of the molecules during 24 h. The functionalized surfaces were studied by scanning tunneling microscopy (STM) and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS). Despite the fact that both molecules have the same composition and almost the same structure, these molecules exhibit different behavior on the gold surface, which can be explained by the different positions of the sulfur atoms in the terminal aromatic rings. In the case of molecule 1, the complete formation of a SAM can be observed after 24 h of immersion. In the case of molecule 2, the transition from flat-lying to upright configuration on the surface is still in process after 24 h of immersion. This is attributed to the fact that molecule 2 have the sulfur atoms more exposed than molecule 1. |
Cheuquelaf, Andrea Paz Orfanoz Estratificación vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile 0000. @thesis{orfanoz_cheuquelaf_estratificacion_2016b, title = {Estratificaci\'{o}n vertical y transporte viento abajo de contaminantes urbanos de Santiago de Chile}, author = {Andrea Paz Orfanoz Cheuquelaf}, url = {http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/139755}, institution = {Universidad de Chile}, abstract = {La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una poblaci\'{o}n de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas monta\~{n}osas que rodean la ciudad. Tiene un clima semi\'{a}rido, una trop\'{o}sfera baja estable y una inversi\'{o}n t\'{e}rmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- naci\'{o}n atmosf\'{e}rica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la din\'{a}mica de la distribuci\'{o}n vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparaci\'{o}n sistem\'{a}tica de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- caci\'{o}n vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, tambi\'{e}n se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo num\'{e}rico que simula las condiciones meteorol\'{o}gicas de la cuenca y que utiliza el mon\'{o}xido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campa\~{n}a de mediciones de 4 d\'{i}as. El modelo reproduce correctamente la condici\'{o}n sin\'{o}ptica del per\'{i}odo, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsin\'{o}ptica reproduce la circulaci\'{o}n entre el valle y la monta\~{n}a, caracter\'{i}stica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculaci\'{o}n de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones est\'{a} asociado a la circulaci\'{o}n termal de valle y monta\~{n}a.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La cuenca de Santiago se ubica en la zona central de Chile, cuenta con una población de alrededor de 7 millones de personas y presenta un relieve complejo caracterizado por cadenas montañosas que rodean la ciudad. Tiene un clima semiárido, una tropósfera baja estable y una inversión térmica de subsidencia cuasi permanente. Todos estos factores, junto a las altas emisiones de la ciudad (6.5 [kton/a] de P M10 y 5.9 [kton/a] de P M2 ,5), favorecen la ocurrencia de altas concentraciones de contaminantes con efectos nocivos sobre la salud de las personas, los ecosistemas y, potencialmente, el clima regional. Varios estudios y caracterizaciones han sido realizados en la zona acerca de la contami- nación atmosférica, particularmente de los tipos de contaminantes y sus fuentes pero no se ha enfatizado en la dinámica de la distribución vertical de los contaminantes o su alcance espacial y temporal. Este trabajo es la primera comparación sistemática de los resultados de un modelo con observaciones verticales de una traza contaminante. Se describe la estratifi- cación vertical y los mecanismos de transporte que afectan a los contaminantes urbanos de Santiago, también se estudia el posible transporte de estos hacia la Cordillera de los Andes. Se utiliza un modelo numérico que simula las condiciones meteorológicas de la cuenca y que utiliza el monóxido de carbono como trazador cuasi-pasivo de contaminantes urbanos. Estas simulaciones se contrastan con observaciones en la vertical de carbono negro durante una campaña de mediciones de 4 días. El modelo reproduce correctamente la condición sinóptica del período, simulando el desa- rrollo de una baja costera intensa. A escala subsinóptica reproduce la circulación entre el valle y la montaña, característica de Santiago. Tanto las simulaciones como las observaciones muestran la presencia de capas elevadas de contaminantes, las que, sugiere el modelo, son producto de una recirculación de contaminantes emitidos en Santiago. Las simulaciones muestran el transporte de contaminantes hacia la zona andina, alcanzan- do lugares por sobre los 4000 metros de altitud. El mecanismo de transporte hacia la cordillera exhibido por las simulaciones está asociado a la circulación termal de valle y montaña. |
Lobos, Jaime Camilo Teneb Diseño de un Ligando Peptídico con Afinidad por la Hormona Folículo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Magíster en Bioquímica y Bioinformática 0000. @thesis{teneb_lobos_diseno_2016b, title = {Dise\~{n}o de un Ligando Pept\'{i}dico con Afinidad por la Hormona Fol\'{i}culo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Mag\'{i}ster en Bioqu\'{i}mica y Bioinform\'{a}tica}, author = {Jaime Camilo Teneb Lobos}, institution = {Universidad de Concepci\'{o}n}, abstract = {La Hormona Fol\'{i}culo Estimulante (FSH) es una glicoprote\'{i}na que est\'{a} involucrada en el desarrollo sexual y la funci\'{o}n reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terap\'{e}utico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la d\'{e}cada del 60 y posteriormente, tambi\'{e}n se incorpor\'{o} en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los f\'{a}rmacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de d\'{o}lares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al a\~{n}o anterior, present\'{a}ndose en d\'{e}cimo tercer lugar de las familias de biof\'{a}rmacos m\'{a}s vendidos en el mundo. La principal preparaci\'{o}n de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificaci\'{o}n basado en cromatograf\'{i}a de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatograf\'{i}a de afinidad es un m\'{e}todo de separaci\'{o}n basado en la propiedad de las mol\'{e}culas biol\'{o}gicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos espec\'{i}ficamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatograf\'{i}a de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos pept\'{i}dicos peque\~{n}os que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producci\'{o}n. En este trabajo se busca dise\~{n}ar un ligando pept\'{i}dico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificaci\'{o}n por cromatograf\'{i}a de afinidad. Para realizar el dise\~{n}o del p\'{e}ptido, nos hemos basado en el an\'{a}lisis de interfaz prote\'{i}naprote\'{i}na del complejo FSH-FSHR. Se encontr\'{o} un grupo de residuos con cercan\'{i}a lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energ\'{i}a de uni\'{o}n (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacci\'{o}n del complejo, se gener\'{o} un modelo del exodominio del receptor completo, y as\'{i}, realizar una simulaci\'{o}n de din\'{a}mica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodin\'{a}mico completo. Del an\'{a}lisis de din\'{a}mica en estructuras de menor energ\'{i}a, se encontr\'{o} que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, dise\~{n}amos un p\'{e}ptido para utilizaci\'{o}n en una matriz de purificaci\'{o}n de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatograf\'{i}a de afinidad y evaluamos la energ\'{i}a de uni\'{o}n del complejo FSH-p\'{e}ptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGuni\'{o}n es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el p\'{e}ptido dise\~{n}ado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificaci\'{o}n de FSH humana.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La Hormona Folículo Estimulante (FSH) es una glicoproteína que está involucrada en el desarrollo sexual y la función reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terapéutico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la década del 60 y posteriormente, también se incorporó en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los fármacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de dólares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al año anterior, presentándose en décimo tercer lugar de las familias de biofármacos más vendidos en el mundo. La principal preparación de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificación basado en cromatografía de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatografía de afinidad es un método de separación basado en la propiedad de las moléculas biológicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos específicamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatografía de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos peptídicos pequeños que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producción. En este trabajo se busca diseñar un ligando peptídico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificación por cromatografía de afinidad. Para realizar el diseño del péptido, nos hemos basado en el análisis de interfaz proteínaproteína del complejo FSH-FSHR. Se encontró un grupo de residuos con cercanía lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energía de unión (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacción del complejo, se generó un modelo del exodominio del receptor completo, y así, realizar una simulación de dinámica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodinámico completo. Del análisis de dinámica en estructuras de menor energía, se encontró que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, diseñamos un péptido para utilización en una matriz de purificación de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatografía de afinidad y evaluamos la energía de unión del complejo FSH-péptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGunión es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el péptido diseñado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificación de FSH humana. |
Lobos, Jaime Camilo Teneb 0000. @thesis{teneb_lobos_diseno_2016-1b, title = {Dise\~{n}o de un Ligando Pept\'{i}dico con Afinidad por la Hormona Fol\'{i}culo Estimulante Humana Tesis para optar al grado de Mag\'{i}ster en Bioqu\'{i}mica y Bioinform\'{a}tica}, author = {Jaime Camilo Teneb Lobos}, url = {http://repositorio.udec.cl/bitstream/handle/11594/2045/TESIS_MAGISTER_JT.pdf}, institution = {Universidad de Concepci\'{o}n}, abstract = {La Hormona Fol\'{i}culo Estimulante (FSH) es una glicoprote\'{i}na que est\'{a} involucrada en el desarrollo sexual y la funci\'{o}n reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terap\'{e}utico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la d\'{e}cada del 60 y posteriormente, tambi\'{e}n se incorpor\'{o} en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los f\'{a}rmacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de d\'{o}lares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al a\~{n}o anterior, present\'{a}ndose en d\'{e}cimo tercer lugar de las familias de biof\'{a}rmacos m\'{a}s vendidos en el mundo. La principal preparaci\'{o}n de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificaci\'{o}n basado en cromatograf\'{i}a de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatograf\'{i}a de afinidad es un m\'{e}todo de separaci\'{o}n basado en la propiedad de las mol\'{e}culas biol\'{o}gicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos espec\'{i}ficamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatograf\'{i}a de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos pept\'{i}dicos peque\~{n}os que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producci\'{o}n. En este trabajo se busca dise\~{n}ar un ligando pept\'{i}dico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificaci\'{o}n por cromatograf\'{i}a de afinidad. Para realizar el dise\~{n}o del p\'{e}ptido, nos hemos basado en el an\'{a}lisis de interfaz prote\'{i}naprote\'{i}na del complejo FSH-FSHR. Se encontr\'{o} un grupo de residuos con cercan\'{i}a lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energ\'{i}a de uni\'{o}n (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacci\'{o}n del complejo, se gener\'{o} un modelo del exodominio del receptor completo, y as\'{i}, realizar una simulaci\'{o}n de din\'{a}mica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodin\'{a}mico completo. Del an\'{a}lisis de din\'{a}mica en estructuras de menor energ\'{i}a, se encontr\'{o} que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, dise\~{n}amos un p\'{e}ptido para utilizaci\'{o}n en una matriz de purificaci\'{o}n de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatograf\'{i}a de afinidad y evaluamos la energ\'{i}a de uni\'{o}n del complejo FSH-p\'{e}ptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGuni\'{o}n es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el p\'{e}ptido dise\~{n}ado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificaci\'{o}n de FSH humana.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {thesis} } La Hormona Folículo Estimulante (FSH) es una glicoproteína que está involucrada en el desarrollo sexual y la función reproductiva en vertebrados. Debido a esto, es utilizada como agente terapéutico para casos de infertilidad de origen femenino desde principio de la década del 60 y posteriormente, también se incorporó en casos de infertilidad de origen masculino. Comercialmente, los fármacos basados en FSH registran ventas de $1.30 billones de dólares durante el 2013 con un 2% de aumento con respecto al año anterior, presentándose en décimo tercer lugar de las familias de biofármacos más vendidos en el mundo. La principal preparación de FSH humana en la actualidad es Gonal-f con dos tercios del mercado; en conjunto con otros preparados poseen un proceso de purificación basado en cromatografía de afinidad que utiliza anticuerpos monoclonales. La cromatografía de afinidad es un método de separación basado en la propiedad de las moléculas biológicas, principalmente anticuerpos, de unir ligandos específicamente por complementariedad de superficies y fuerzas intermoleculares. A pesar de que el uso de anticuerpos ha demostrado ser muy eficaz en cromatografía de afinidad, actualmente existe una tendencia a reemplazar el uso de anticuerpos por ligandos peptídicos pequeños que poseen especificidad y afinidad similar a los anticuerpos, pero presentan una mayor estabilidad y menor costo de producción. En este trabajo se busca diseñar un ligando peptídico que presente alta afinidad por la FSH humana y pueda ser utilizado en un proceso de purificación por cromatografía de afinidad. Para realizar el diseño del péptido, nos hemos basado en el análisis de interfaz proteínaproteína del complejo FSH-FSHR. Se encontró un grupo de residuos con cercanía lineal, conformado por el residuo modificado de tirosina sulfatada sTyr335 y Leu337, que poseen una gran parte de su superficie internalizada en el complejo, y con un cambio de energía de unión (textbackslashDeltatextbackslashDeltaG) significativo, identificado por barrido de alanina in silico, suficientes para ser considerados hotspots. Cercano a estos residuos, existe una zona de estructura indeterminada en el receptor. Con el objetivo de analizar el aporte de los residuos de este lazo en la interacción del complejo, se generó un modelo del exodominio del receptor completo, y así, realizar una simulación de dinámica molecular del complejo por un tiempo de 50 ns, para estudiar su comportamiento en un sistema termodinámico completo. Del análisis de dinámica en estructuras de menor energía, se encontró que el residuo M328, del lazo de estructura desconocida, presenta una superficie internalizada en el complejo considerable, y un textbackslashDeltatextbackslashDeltaG que nos lleva a considerarlo hotspot. De esta forma encontramos una secuencia de 10 residuos que posee 3 hotspots. Posteriormente, basados en esta secuencia, diseñamos un péptido para utilización en una matriz de purificación de sefarosa N-Hidroxisuccinamida para cromatografía de afinidad y evaluamos la energía de unión del complejo FSH-péptido por MM/PBSA. El valor predictivo de textbackslashDeltaGunión es -15,4 ± 6,9 kcal/mol lo que sugiere que el péptido diseñado en este trabajo tiene potencial para ser utilizado en la purificación de FSH humana. |
Siddikov, Marat; Schmidt, Ivan GPDs from charged current meson production in $ep$ experiments Journal Article pp. 15, 0000. @article{siddikov_gpds_2017b, title = {GPDs from charged current meson production in $ep$ experiments}, author = {Marat Siddikov and Ivan Schmidt}, url = {http://arxiv.org/abs/1709.01405}, pages = {15}, abstract = {We suggest that generalized parton distributions can be probed in charged current meson production process, $eptextbackslashbackslashtotextbackslashbackslashnu_etextbackslashbackslashpitextasciicircum-p$. In contrast to pion photoproduction, this process is sensitive to the unpolarized GPDs $H,textbackslashbackslash,E$, and for this reason has a very small contamination by higher twist and Bethe-Heitler type contributions. Since all produced hadrons are charged, we expect that the kinematics of this process could be easily reconstructed. We estimated the cross-sections in the kinematics of upgraded 12 GeV Jefferson Laboratory experiments and found that thanks to large luminosity the process can be measured with reasonable statistics.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } We suggest that generalized parton distributions can be probed in charged current meson production process, $eptextbackslashbackslashtotextbackslashbackslashnu_etextbackslashbackslashpitextasciicircum-p$. In contrast to pion photoproduction, this process is sensitive to the unpolarized GPDs $H,textbackslashbackslash,E$, and for this reason has a very small contamination by higher twist and Bethe-Heitler type contributions. Since all produced hadrons are charged, we expect that the kinematics of this process could be easily reconstructed. We estimated the cross-sections in the kinematics of upgraded 12 GeV Jefferson Laboratory experiments and found that thanks to large luminosity the process can be measured with reasonable statistics. |
Perez-Sanchez, Horacio; Ceron-Carrasco, Jose P; Cecilia, Jose M Implementation of an Efficient Blind Docking Technique on HPC Architectures for the Discovery of Allosteric Inhibitors Journal Article pp. 33–38, 0000. @article{perez-sanchez_implementation_2017, title = {Implementation of an Efficient Blind Docking Technique on HPC Architectures for the Discovery of Allosteric Inhibitors}, author = {Horacio Perez-Sanchez and Jose P Ceron-Carrasco and Jose M Cecilia}, url = {http://ieeexplore.ieee.org/document/8026066/}, doi = {10.1109/ICPPW.2017.18}, pages = {33--38}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } |
Flores, M; Cisternas, E; Mella, A; Julian, D; Nunez, A S; Soler, M Adsorption of 2-thiophene curcuminoid molecules on a Au(111) surface Journal Article (111), 0000, ISSN: 01694332. @article{flores_adsorption_2017, title = {Adsorption of 2-thiophene curcuminoid molecules on a Au(111) surface}, author = {M Flores and E Cisternas and A Mella and D Julian and A S Nunez and M Soler}, url = {http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169433217325345}, doi = {10.1016/j.apsusc.2017.08.211}, issn = {01694332}, number = {111}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } |
Duggon, José Robinson; Mora, Francisco Pérez; Vásquez, Liliana Valverde; Arriagada, Diego Cortés; la Fuente, Julio Ramón De; Günther, Germán; Fuentealba, Denis Supramolecular Reversible On-Off Switch for Singlet Oxygen Using Cucurbit[n]uril Inclusion Complexes Journal Article pp. 9, 0000, ISSN: 1932-7447. @article{robinson_duggon_supramolecular_2017, title = {Supramolecular Reversible On-Off Switch for Singlet Oxygen Using Cucurbit[n]uril Inclusion Complexes}, author = {Jos\'{e} Robinson Duggon and Francisco P\'{e}rez Mora and Liliana Valverde V\'{a}squez and Diego Cort\'{e}s Arriagada and Julio Ram\'{o}n De la Fuente and Germ\'{a}n G\"{u}nther and Denis Fuentealba}, url = {http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcc.7b07736}, doi = {10.1021/acs.jpcc.7b07736}, issn = {1932-7447}, pages = {9}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } |
Barrientos, Ricardo J; Millaguir, Fabricio; Sánchez, José L; Arias, Enrique GPU-based exhaustive algorithms processing kNN queries Journal Article 73 (10), pp. 4611–4634, 0000, ISSN: 0920-8542. @article{barrientos_gpu-based_2017, title = {GPU-based exhaustive algorithms processing kNN queries}, author = {Ricardo J Barrientos and Fabricio Millaguir and Jos\'{e} L S\'{a}nchez and Enrique Arias}, url = {http://link.springer.com/10.1007/s11227-017-2110-y}, doi = {10.1007/s11227-017-2110-y}, issn = {0920-8542}, volume = {73}, number = {10}, pages = {4611--4634}, abstract = {Efficient kNN search, or k-nearest neighbors search, is useful, among other fields, in multimedia information retrieval, data mining and pattern recognition problems. A distance function determines how similar the objects are to a given kNN query object. As finding the distance between any given pair of objects (i.e., high-dimensional vectors) is known to be a computationally expensive operation, using parallel computation techniques is an effective way of reducing running times to acceptable values in large databases. In the present work, we offer novel GPU approaches to solving kNN (k-nearest neighbor) queries using exhaustive algorithms based on the Selection Sort, Quicksort and state-of-the-art algorithms. We show that the best approach depends on the k value of the kNN query and achieve a speedup up to 86.4× better than the sequential counterpart. We also propose a multi-core algorithm to be used as reference for the experiments and a hybrid algorithm which combines the proposed algorithms with a state-of-the-art heaps-based method, in which the best performance is obtained with high k values. We also extend our algorithms to be able to deal with large databases that do not fit in GPU memory and whose performance does not deteriorate as database size increases.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } Efficient kNN search, or k-nearest neighbors search, is useful, among other fields, in multimedia information retrieval, data mining and pattern recognition problems. A distance function determines how similar the objects are to a given kNN query object. As finding the distance between any given pair of objects (i.e., high-dimensional vectors) is known to be a computationally expensive operation, using parallel computation techniques is an effective way of reducing running times to acceptable values in large databases. In the present work, we offer novel GPU approaches to solving kNN (k-nearest neighbor) queries using exhaustive algorithms based on the Selection Sort, Quicksort and state-of-the-art algorithms. We show that the best approach depends on the k value of the kNN query and achieve a speedup up to 86.4× better than the sequential counterpart. We also propose a multi-core algorithm to be used as reference for the experiments and a hybrid algorithm which combines the proposed algorithms with a state-of-the-art heaps-based method, in which the best performance is obtained with high k values. We also extend our algorithms to be able to deal with large databases that do not fit in GPU memory and whose performance does not deteriorate as database size increases. |
Peralta, Joaquín; Balvín, Camilo Valencia Vibrational properties of Cu3XY4 sulvanites (X = Nb, Ta, and V; and Y = S, and Se) by ab initio molecular dynamics Journal Article 90 (9), pp. 177, 0000, ISSN: 1434-6028. @article{peralta_vibrational_2017, title = {Vibrational properties of Cu3XY4 sulvanites (X = Nb, Ta, and V; and Y = S, and Se) by ab initio molecular dynamics}, author = {Joaqu\'{i}n Peralta and Camilo Valencia Balv\'{i}n}, url = {http://link.springer.com/10.1140/epjb/e2017-80050-7}, doi = {10.1140/epjb/e2017-80050-7}, issn = {1434-6028}, volume = {90}, number = {9}, pages = {177}, abstract = {In this work, we present a structural and dynamic characterisation of six different types of sulvanites Cu 3 XY 4 with X = Nb, V and Ta, and Y = S and Se. These materials have been the subject of intense study in recent times primarily as potential candidates for solar cell devices, as well as for their enhanced opto-electrical properties. Here, by means of first-principles calculations, we study the structural and dynamic behaviour of these materials at different temperatures, which is important for use of these materials in high-temperature conditions. In this work the dynamic and structural properties are studied using the Density Functional Theory technique. The simulations were performed at four different temperatures, ranging from room temperature to ∼ 1500 K. By using first-principles molecular dynamics in the microcanonical ensemble, we are able to determine the vibrational spectra of these sulvanites. With this information we report for the first time the partial vibrational density of states of these structures at different temperatures. With these results we determine the vibrational properties of the basic building blocks of those sulvanites and their dynamic behaviour under temperature effects. We also show that the building blocks that which make up these structures, remain stable as the temperature increases.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } In this work, we present a structural and dynamic characterisation of six different types of sulvanites Cu 3 XY 4 with X = Nb, V and Ta, and Y = S and Se. These materials have been the subject of intense study in recent times primarily as potential candidates for solar cell devices, as well as for their enhanced opto-electrical properties. Here, by means of first-principles calculations, we study the structural and dynamic behaviour of these materials at different temperatures, which is important for use of these materials in high-temperature conditions. In this work the dynamic and structural properties are studied using the Density Functional Theory technique. The simulations were performed at four different temperatures, ranging from room temperature to ∼ 1500 K. By using first-principles molecular dynamics in the microcanonical ensemble, we are able to determine the vibrational spectra of these sulvanites. With this information we report for the first time the partial vibrational density of states of these structures at different temperatures. With these results we determine the vibrational properties of the basic building blocks of those sulvanites and their dynamic behaviour under temperature effects. We also show that the building blocks that which make up these structures, remain stable as the temperature increases. |
Rabanal-Lé, Walter A; Tiznado, William; Osorio, Edison; Ferraro, Franklin 0000. @article{rabanal-le_exploring_nodate, title = {Exploring the potential energy surface of small lead clusters using the gradient embedded genetic algorithm and an adequate treatment of relativistic effects}, author = {Walter A Rabanal-L\'{e} and William Tiznado and Edison Osorio and Franklin Ferraro}, doi = {10.1039/c7ra11449d}, abstract = {It is a well-known fact that theoretical methodologies play a crucial role to assure an adequate structural assignment of gas-phase clusters. Particularly, in heavy-element containing clusters the inclusion of relativistic effects (scalar and spin\textendashorbit coupling) can significantly affect their chemistry. Therefore, these effects become the keystone on their structural determination. In our work, the way in which relativistic effects were treated, as well as their influence in the process of an adequate identification of lowest-energy isomer (the global minima \textendash " GM " \textendash energy structure), were evaluated in small lead clusters. The potential energy surfaces of small Pb n (n ¼ 3\textendash10) clusters was explored by means of the gradient embedded genetic algorithm program (GEGA). Subsequently, the most stable isomers were re-optimized incorporating relativistic effects through two different approximations: (i) using relativistic effective core potentials (RECPs) or pseudopotentials, which mimics the scalar and spin\textendashorbit coupling relativistic effects (SR and SO) of the core electrons; and (ii) using relativistic Hamiltonians (with proper all-electron basis sets), like, the zeroth-order regular approximation (ZORA) to the Dirac equation, in which the scalar (SR) and spin\textendashorbit coupling (SOC) relativistic effects were also included. The results evidence that methodologies including SOC effect allow to identify the GM energy structure correctly in all the studied cases. Besides, the GEGA algorithm, using a modest RECP, provides good initial structures that become GM after re-optimization at the SOC level.}, keywords = {}, pubstate = {published}, tppubtype = {article} } It is a well-known fact that theoretical methodologies play a crucial role to assure an adequate structural assignment of gas-phase clusters. Particularly, in heavy-element containing clusters the inclusion of relativistic effects (scalar and spin–orbit coupling) can significantly affect their chemistry. Therefore, these effects become the keystone on their structural determination. In our work, the way in which relativistic effects were treated, as well as their influence in the process of an adequate identification of lowest-energy isomer (the global minima – " GM " – energy structure), were evaluated in small lead clusters. The potential energy surfaces of small Pb n (n ¼ 3–10) clusters was explored by means of the gradient embedded genetic algorithm program (GEGA). Subsequently, the most stable isomers were re-optimized incorporating relativistic effects through two different approximations: (i) using relativistic effective core potentials (RECPs) or pseudopotentials, which mimics the scalar and spin–orbit coupling relativistic effects (SR and SO) of the core electrons; and (ii) using relativistic Hamiltonians (with proper all-electron basis sets), like, the zeroth-order regular approximation (ZORA) to the Dirac equation, in which the scalar (SR) and spin–orbit coupling (SOC) relativistic effects were also included. The results evidence that methodologies including SOC effect allow to identify the GM energy structure correctly in all the studied cases. Besides, the GEGA algorithm, using a modest RECP, provides good initial structures that become GM after re-optimization at the SOC level. |
Recent Activities
- Convocatoria de Acceso a Recursos Extra
- Workshop Big and Complex Data Theory, Applications and Value Creation
- Workshop Dinámica Molecular en Zeolitas
- El NLHPC invita al Workshop: Programando GPUs con CUDA
- Workshop: Programación de GPUs con CUDA
- II Workshop en Transferencia de Technología
- 4to. Congreso Internacional de Supercómputo en México – ISUM 2013
