Curso Bioinformática Universidad de Chile


Fecha: 23 de octubre 2020
Hora de inicio: 09:00 hrs.

Formación

Participaremos en el curso de Bioinformática II de Informática Médica, realizado entre la Facultad de Medicina y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de Chile, que se dictará entre el 20 de octubre y el 1 de diciembre.

Nuestra intervención será el día 24 de octubre de 09:00 a 17:00h.

Los contenidos que revisaremos en la primera mitad son los siguientes:

  • Introducción al HPC.
  • ¿Qué es el NLHPC?
  • ¿Cómo crear una cuenta en el NLHPC?
  • Infraestructura NLHPC.
    • Presentación de infraestructura NLHPC.
  • Accediendo al cluster y enviando tareas
    • Accediendo al cluster:
      • Nodos Login NLHPC.
      • Uso básico de Slurm.
      • Uso del comando srun y sus parámetros.
      • Uso del comando sbatch.
        • Script básico.
        • Encolar.
        • Monitorear.
        • Cancelar.
        • Subutilización de recursos.
        • Otras tareas básicas.
    • Software disponible:
      • Listando software disponible.
      • Usando el software disponible.
      • ¿No está el software que necesito?
        • Solicitud de instalación a soporte.
        • Instalando mi propio software.
    • Ejemplos funcionales:
      • Tarea utilizando Python.
      • Tarea utilizando Matlab.
      • Tarea utilizando R.

Los contenidos que revisaremos en la segunda mitad son los siguientes:

  • Sesión Práctica 1.
  • Programación Paralela:
    • Modelo de Memoria compartida (OpenMP).
    • Modelo de Paso de menasjes (MPI).
  • Ejecución de simulaciones:
    • Trabajos secuenciales.
    • Trabajos OpenMP.
    • Trabajos MPI.
    • Múltiples trabajos secuenciales (job array).
    • Trabajos que utilicen GPUs.
  • Estudio de eficiencia:
    • ¿Qué significa que mi programa escale?
    • Speedup y eficiencia.
    • Ejemplo de escalamiento.
  • Monitoreo de simulaciones:
    • Monitoreando simulaciones utilizando htop.
    • Monitoreando simulaciones utilizando Ganglia.
    • Gráficas de utilización en correo de notificación.
  • Instalación y compilación de aplicaciones:
    • Compiladores y flags utilizados.
    • Compilando programa desde el código fuente.
    • Instalación de módulos en Python.
    • Instalación de módulos en R.
  • Problemas frecuentes:
    • Cancelación por exceso de memoria.
    • Cancelación por subutilización de CPU.
    • Cancelación por subutilización de Memoria.
  • Sesión Práctica 2.

Si desea que participemos en algún curso o evento, no dude en contactarnos en info@nlhpc.cl.