Curso Bioinformática Universidad de Chile
Fecha: 24 de octubre 2020Hora de inicio: 09:00 hrs.
Participaremos en el curso de Bioinformática II de Informática Médica, realizado entre la Facultad de Medicina y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de Chile, que se dictará entre el 20 de octubre y el 1 de diciembre.
Nuestra intervención será el día 24 de octubre de 09:00 a 17:00h.
Los contenidos que revisaremos en la primera mitad son los siguientes:
- Introducción al HPC.
- ¿Qué es el NLHPC?
- ¿Cómo crear una cuenta en el NLHPC?
- Infraestructura NLHPC.
- Presentación de infraestructura NLHPC.
- Accediendo al cluster y enviando tareas
- Accediendo al cluster:
- Nodos Login NLHPC.
- Uso básico de Slurm.
- Uso del comando srun y sus parámetros.
- Uso del comando sbatch.
- Script básico.
- Encolar.
- Monitorear.
- Cancelar.
- Subutilización de recursos.
- Otras tareas básicas.
- Software disponible:
- Listando software disponible.
- Usando el software disponible.
- ¿No está el software que necesito?
- Solicitud de instalación a soporte.
- Instalando mi propio software.
- Ejemplos funcionales:
- Tarea utilizando Python.
- Tarea utilizando Matlab.
- Tarea utilizando R.
- Accediendo al cluster:
Los contenidos que revisaremos en la segunda mitad son los siguientes:
- Sesión Práctica 1.
- Programación Paralela:
- Modelo de Memoria compartida (OpenMP).
- Modelo de Paso de menasjes (MPI).
- Ejecución de simulaciones:
- Trabajos secuenciales.
- Trabajos OpenMP.
- Trabajos MPI.
- Múltiples trabajos secuenciales (job array).
- Trabajos que utilicen GPUs.
- Estudio de eficiencia:
- ¿Qué significa que mi programa escale?
- Speedup y eficiencia.
- Ejemplo de escalamiento.
- Monitoreo de simulaciones:
- Monitoreando simulaciones utilizando htop.
- Monitoreando simulaciones utilizando Ganglia.
- Gráficas de utilización en correo de notificación.
- Instalación y compilación de aplicaciones:
- Compiladores y flags utilizados.
- Compilando programa desde el código fuente.
- Instalación de módulos en Python.
- Instalación de módulos en R.
- Problemas frecuentes:
- Cancelación por exceso de memoria.
- Cancelación por subutilización de CPU.
- Cancelación por subutilización de Memoria.
- Sesión Práctica 2.
Si desea que participemos en algún curso o evento, no dude en contactarnos en info@nlhpc.cl.