Introducción al NLHPC

Fecha: 16 de marzo 2022
Hora de inicio: 18:00 hrs.

El objetivo del curso es mejorar la capacidad en Investigación Bioinformática en América Latina con énfasis en aplicaciones genómicas a la Biodiversidad, incluyendo Secuenciamiento y análisis de genomas, RNA-Seq y Metagenómica, mediante el trabajo en red conectados a un cluster de High Performance Computing (HPC) y el uso de técnicas modernas de capacitación.

La participación del NLHPC permitió presentar la infraestructura y el uso del Cluster Leftraru-Guacolda para el apoyo de las investigaciones científicas.

Los temas revisados en esta sesión tocaron los siguientes contenidos:

  • Accediendo al cluster:
    • Acceso vía SSH
    • Recursos e Infraestructura disponible
  • Gestor de recursos Slurm
    • Qué es Slurm
    • Parámetros utilizados
    • Uso interactivo con srun
    • Envío de tareas mediante sbatch
      • Script básicos
      • Encolar.
    • Información y monitoreo de tareas
      • Uso de comandos squeue y scontrol
      • Acceso a nodos con tareas en ejecución
      • Cancelación de tareas
      • Subutilización de recursos.
      • Otras tareas
  • Sistema de módulos y Software
    • Listado y búsqueda de software
    • Uso del software disponible.
  • Escalamiento de Aplicaciones.

Puedes ver a continuación el registro de esta charla en el siguiente vídeo: