La plataforma dará autonomía y profundidad al estudio de datos biológicos masivos, al ofrecer servicios para que los investigadores del área de las ciencias de la vida exploren sus datos directamente en todas las etapas de sus trabajos.
Con la presencia del Rector de la Universidad de Chile, Ennio Vivaldi, junto a académicos, estudiantes de doctorado y postdoctorados de las facultades de Ciencias, Ciencias Agronómicas, Ciencias Veterinarias y Agropecuarias, Medicina y Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM), INTA, además de investigadores del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la FCFM, se inauguró y realizó el primer workshop, o taller de trabajo de iPlant en el país.
“Esta actividad es tremendamente importante, porque calza con esta visión preclara que tuvo el CMM de jugar un rol de pivote, un hub, para múltiples áreas de la ciencia en Chile”, afirmó el Rector Vivaldi.
Para Alejandro Maass, investigador del CMM -y uno de los organizadores del evento junto al decano de la Facultad de Ciencias Agronómicas, Roberto Neira, y el profesor Herman Silva, de la misma unidad-, “iPlant puede significar para Chile contar, después de mucho tiempo, con una plataforma que democratiza la exploración y el análisis de datos biológicos”.
Se trata de una plataforma que permitirá que biólogos, médicos, agrónomos y otros profesionales ligados a las ciencias de la vida procesen su información en etapas intermedias, generando exploraciones sin depender de la presencia de un especialista de las ciencias de la informática más que para procesos complejos y de desarrollo.
Durante el taller, Nirav Merchant y Eric Lyons, investigadores principales de iPlant Estados Unidos, explicaron la filosofía del proyecto y los servicios que ofrecen a la comunidad científica. Los asistentes también pudieron realizar pruebas prácticas sobre los productos ofrecidos por la iniciativa.
“La visión de iPlant Collaborative es permitir que investigadores y educadores en ciencias de la vida usen y extiendan la ciberinfraestructura para entender y, por último, pronosticar la complejidad de los sistemas biológicos y su dinámica bajo variadas condiciones medioambientales”, explicó Lyons, quien definió el concepto de ciberinfraestructura como almacenamiento de datos, software, computación de alto rendimiento y la gente organizada como sistemas que resuelven problemas de dimensiones que no se podrían resolver sin estos elementos.
Merchant destacó las posibilidades que se abren para la colaboración entre distintos científicos, al decir que “iPlant una organización colaborativa virtual que permite que quienes tengan datos se contacten con quienes pueden procesarlos y al revés. Entonces, permite hacer ciencia a quienes tienen modelos y sacar conclusiones a quienes cuentan con información”.
En ese sentido, Maass enfatizó en que el diseño de la plataforma se hace cargo de todos los problemas que tienen los usuarios en el análisis de la información, en su arquitectura, el manejo de datos, la baja dificultad que implica el aprendizaje de líneas de comando y, sobre todo, el acceso a cálculo que “ha sido pensada, incluso optimizada para que los usuarios tengan acceso a computación de alto rendimiento correctamente desde las herramientas. Y eso es algo importante para nosotros, porque, teniendo el Laboratorio de Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC, por sus siglas en inglés) en el CMM, esto potencia el uso de esa herramienta que ya está en Chile”, agregó el académico.
Ahora, el desafío es instalar iPlant en el país: las opciones van desde implementar todas las herramientas que ofrece la plataforma en Chile hasta generar una estructura bien conectada con iPlant Estados Unidos. Siempre, considerando la conexión con el NLHPC como clave.
Esto podría tener incluso repercusiones en la forma de enseñar, explicó el matemático del CMM, abriendo nuevas posibilidades, enfatizando que “permitirá ordenar la docencia también en temas bioinformáticos. Cuando las cosas están tan bien ordenaditas y estructuradas desde los datos, tú puedes hacer mucho mejores cursos para los aplicadores
Fuente: Universidad de Chile