Curso Bioinformática II – MIM

El Laboratorio nacional de supercomputación participó en la realización del curso de Bioinformática II – MIM, realizado entre la Facultad de Medicina y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de Chile, con el objetivo de mostrar el uso de HPC para usos científicos.

Esta charla se dividió en dos bloques durante el día 22 de Octubre del 2022.

Los contenidos revisados fueron:

Primer Bloque:

• Accediendo al cluster:
  • Acceso vía SSH
  • Recursos e Infraestructura disponible
• Gestor de recursos Slurm
  • Qué es Slurm
  • Parámetros utilizados
  • Uso interactivo con srun
  • Envío de tareas mediante sbatch
    • Script básicos
    • Encolar.
  • Información y monitoreo de tareas
    • Uso de comandos squeue y scontrol
    • Acceso a nodos con tareas en ejecución
    • Cancelación de tareas
    • Subutilización de recursos.
    • Otras tareas
• Sistema de módulos y Software
  • Listado y búsqueda de software
  • Uso del software disponible.
• Escalamiento de Aplicaciones.

Segundo Bloque:

• Programación Paralela:
  • Modelo de Memoria compartida (OpenMP).
  • Modelo de Paso de mensajes (MPI).
• Ejecución de simulaciones:
  • Trabajos secuenciales.
  • Trabajos OpenMP.
  • Trabajos MPI.
  • Múltiples trabajos secuenciales (job array).
  • Trabajos que utilicen GPUs.
  • Dependencias de trabajos.
  • Programación de tareas usando crontab
• Monitoreo de simulaciones:
  • Monitoreando simulaciones utilizando htop.
  • Gráficas de utilización en correo de notificación.
• Instalación y compilación de aplicaciones:
  • Compiladores y flags utilizados.
  • Compilando programas desde el código fuente.
  • Instalación de módulos en Python.
  • Instalación de módulos en R.
• Problemas frecuentes:
  • Cancelación por exceso de memoria.
  • Cancelación por subutilización de CPU.
  • Cancelación por subutilización de Memoria.
  • Sobreutilización de recursos.

Más información relacionado a este curso en: https://cimt.uchile.cl/mim/