Introducción a la Genómica Poblacional

Durante los días 16 al 20 de Enero del 2023 se ha llevado a cabo el Workshop Introducción a la Genómica Poblacional y como NLHPC hemos tenido el agrado de poder compartir nuestra infraestructura y asesoría especializada para que los profesores puedan realizar sesiones tanto teóricas como prácticas.

Esta es la primera versión del curso “Introducción a la Genómica Poblacional” que fue organizado por los Dres. Pamela Morales (Universidad de Chile, Postdoctorado FONDECYT), Cristian Torres (Académico de la Universidad del Bío-Bío) y Moisés Valladares (Pontificia Universidad Católica de Chile, Postdoctorado FONDECYT). Este workshop fue patrocinado por diversos proyectos entre los cuales destacan el proyecto FONDECYT Regular 1221698 a cargo del Doctor Cristian Torres: «Does life at high-elevation environments select for increased floral traits in flowering plants?: Addressing the role of local adaptation, phenotypic plasticity and epigenetics», y el proyecto FONDECYT Postdoctoral 3200898 de la Doctora Pamela Morales «Historia demográfica y aislamiento reproductivo en dos especies del género Orestias (Teleostei; Cyprinodontidae): caracterizando un caso de divergencia temprana en el altiplano chileno».

Estamos muy contentos de contar con alrededor de 31 participantes provenientes de distintas universidades (Universidad Católica del Norte, Universidad de Chile, Pontificia Universidad Católica de Chile, Universidad del Bío-Bío y Universidad de Concepción), quienes están en distintas etapas académicas como Magíster, Doctorado y Postdoctorado. La participación de esta variedad de estudiantes enriqueció las discusiones de los distintos tópicos, pues cada uno aportó a ellas desde sus propias experiencias y conocimientos.

En el curso se trataron diversos temas como Introducción a la Genómica Poblacional, discusión de distintas técnicas de secuenciación de representación reducida, como GBS, RAD-Seq, ddRAD, DArT-seq, y sus ventajas y desventajas. También se realizó un ejercicio práctico para obtener un set de datos de SNPs de buena calidad a partir de los datos brutos. Este ejercicio fue sumamente útil porque las y los estudiantes pudieron experimentar cómo es trabajar con datos reales y la ventaja que es hacerlo dentro de un cluster, como el NLHPC. Finalmente, se discutió cómo este set de datos puede ser utilizado en análisis de diversidad genética, estimaciones de estructura genético poblacional, estimación de historia demográfica y detección de señales de selección, para lograr responder las preguntas que se plantean en sus trabajos.

Los organizadores del curso consideramos que fue una instancia académica muy exitosa, por lo que han manifestado el deseo de poder realizar una segunda versión el 2024.