Workshop Genética y Genómica de Poblaciones

Descripción

El curso tiene como objetivo que las y los participantes adquieran conocimientos teóricos y prácticos en los principales métodos de la genética y genómica de poblaciones, comprendiendo su aplicación en el estudio de procesos evolutivos, ecológicos y de conservación. Está dirigido a estudiantes de pregrado avanzado, postgrado (magíster y doctorado) y personas dedicadas a la investigación en biología, bioinformática y disciplinas afines interesadas en el uso de secuenciación de genomas completos (whole genome sequencing, WGS).

Esta versión del curso pone especial énfasis en aproximaciones aplicadas a la genómica de la invasión, aunque también se abordarán ejemplos de especies nativas. Cada jornada combinará sesiones teóricas y talleres prácticos. Las sesiones prácticas se desarrollarán con el apoyo del Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC), utilizando el supercomputador Guacolda-Leftraru Epu, que permitirá a las y los participantes ejecutar análisis en un entorno HPC.

Este curso es financiado por el Proyecto Anillo de Investigación en Insectos Plagas y Cambio Climático (PIC²) – ANID ATE230025 y patrocinado por la Sociedad Chilena de Evolución (SOCEVOL).

Lugar: Facultad de Ciencias, Campus JGM, Universidad de Chile

Fechas: 12 al 17 de enero 2026

Horarios: 09:30 – 18:00 horas

Modalidad: Este curso será realizado de manera presencial.

Nota: El primer día será de participación opcional y está especialmente recomendado para quienes no tengan experiencia previa en entornos de computación de alto rendimiento (HPC) o deseen reforzar sus habilidades en el uso de la línea de comandos. Los días siguientes corresponden al programa central del curso y serán de asistencia obligatoria.

Público objetivo: Estudiantes de pregrado avanzado (últimos años) y postgrado (magíster y doctorado) en biología evolutiva, ecología, bioinformática y disciplinas afines.

Requisitos: Es deseable que los postulantes cuenten con conocimientos básicos en genética de poblaciones, manejo de línea de comandos y/o uso de R, y con datos WGS o estén próximos a obtenerlos. Cada participante deberá disponer de un computador personal (Windows, macOS o Linux/Unix).

Para participar solo debes completar el siguiente formulario. Postulaciones hasta el 23 de diciembre.

Curso gratuito, cupos limitados.

Programa del curso

El programa del curso corresponde a:

Día 1: Introducción al entorno computacional y reproducibilidad

Introducción a los recursos de computación de alto rendimiento (HPC). Estructura y funcionamiento de servidores, gestión de tareas con SLURM, ambientes y scripts. Buenas prácticas, eficiencia y reproducibilidad en investigación genómica. Recomendaciones del uso de Inteligencia Artificial en la generación de scripts.

Familiarización con la línea de comandos. Creación y activación de entornos, instalación de herramientas básicas, uso de editores de código. Ejecución de tareas en SLURM.

Día 2: Fundamentos de genética de poblaciones y datos genómicos

Conceptos básicos de genética de poblaciones. Tipos de marcadores moleculares y tecnologías de secuenciación (WGS, técnicas de representación reducida, long/short reads). Relevancia de los genomas de referencia y estrategias de obtención de datos.

Descarga de datos públicos, evaluación de calidad, trimming, mapping, evaluación de cobertura, duplicados y llamado de variantes. Generación y exploración de archivos VCF.

Día 3: Diversidad genética y estructura poblacional

Revisión de los fundamentos teóricos: equilibrio de Hardy-Weinberg, teoría neutral, mutación, deriva génica y endogamia. Conceptos de FIS, FST y su interpretación biológica.

Cálculo de métricas de diversidad, estimación de estructura poblacional y patrones de ancestría.

Día 4: Flujo genético, demografía y genómica de la invasión

Procesos de flujo y conectividad entre poblaciones. Conceptos de tamaño efectivo e inferencia demográfica. Introducción a la genómica de la invasión: conceptos, relevancia y ejemplos en sistemas modelo.

Inferencia de flujo génico. Estimación de tamaño efectivo e historia demográfica.

Día 5: Selección, adaptación e introgresión

Procesos de introgresión y desequilibrio de ligamiento. Detección de señales de selección natural y adaptación local. Métodos de escaneo genómico para identificar SNPs o genes bajo selección.

Aplicación de D-statistics, identificación de loci outliers y genes candidatos bajo selección. Introducción a análisis de enriquecimiento funcional y categorías GO.

Día 6: Genotipo-ambiente y aplicaciones integrativas

Asociación genotipo-ambiente. Integración de información ecológica y filogenética para abordar preguntas micro y macroevolutivas. Aplicaciones de la genómica en conservación y ecología molecular.

Análisis de asociación genotipo-ambiente, exploración de relaciones filogenómicas y planificación de proyectos genómicos integrativos. Cierre del curso y discusión general.

Relatores

Dr. Moisés A. Valladares

Biólogo evolutivo e investigador postdoctoral del Proyecto Anillo en Insectos Plagas y Cambio Climático (PIC²) en la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile. Su investigación se centra en la filogenética, sistemática, filogeografía y delimitación de especies, especialmente de organismos acuáticos. Combina datos genómicos, fenotípicos y biogeográficos para comprender los procesos que impulsan la diversificación. En el proyecto PIC² participa en el componente genómico, estudiando los mecanismos evolutivos y adaptativos de insectos plaga en respuesta al cambio climático bajo un enfoque One Health.

Dra. Pamela Morales

Licenciada en Ciencias Biológicas, y Magíster y Doctora en Ciencias con mención en Ecología y Biología Evolutiva. Su línea de investigación se ha centrado en el estudio de la especiación y en comprender cómo se origina la biodiversidad. Para ello, ha integrado áreas de la genómica, biología evolutiva, genética de la conservación, especiación, ecología molecular y genética de poblaciones. Actualmente forma parte del Instituto Milenio Centro de Regulación del Genoma y es Profesora Asistente Adjunto en la Universidad Andrés Bello.

MSc. Paulo S. Zepeda

Magíster en Ciencias Biológicas de la Pontificia Universidad Católica de Chile y actualmente candidato a Doctor en Ciencias Biológicas con mención en Ecología en la misma institución. Forma parte del Instituto Milenio Centro de Regulación del Genoma (CRG). Su trabajo se centra en el estudio de la estructura y variabilidad genética de pequeños vertebrados de Chile. En su investigación doctoral aborda la diversidad y estructura genómica de las poblaciones del roedor invasor Rattus rattus a nivel sudamericano, explorando señales genómicas de adaptación a distintos ambientes y las implicancias evolutivas de su proceso de invasión.

Inscripción

Para participar solo debes completar el siguiente formulario. Postulaciones hasta el 23 de diciembre.